慢性HBV感染的自然病程可分为3个连续阶段：免疫耐受期、免疫清除期和残余期。在免疫耐受期，人体可能不出现任何肝炎临床症状，称为"病毒携带状态”。在免疫清除期，可能发生肝炎发作，且有时发生肝功能失代偿，这是由于细胞毒性T淋巴细胞(CTL)介导的、对表达HBV抗原肝细胞免疫清除的结果，继之出现细胞凋亡，最后导致血清HBeAg转变成HBe抗体，血清转换常伴临床缓解。在肝炎发作过程中，肝小叶损害的严重程度、范围、持续时间和发生频率可预测HBV感染的后果和判断HBV是否被清除。清除病毒的同时减轻或防止肝损害是减缓或预防慢性乙型肝炎病情发展的关键。