肝穿刺既是一种检查方法，也是一种治疗手段。当临床遇到一些难以诊断的肝脏疾患时，应考虑做肝穿刺。例如疑为肝炎而难以确诊者，或需进行病理检查协助分型者；长期低热患者，经全面检查已排除其他病患，而确定为肝病所致者；肝肿大和（或）脾肿大原因不明者，或欲与肝结核、脂肪肝等疾患相鉴别者；病毒性与药物性导致肝损害情况不明者等。另外，肝脓肿患者可用肝穿刺抽出脓液，同时还可通过穿刺针注入药物进行治疗，从而使一部分患者免于手术之苦。