胃镜检查有一些禁忌证，如患有严重的心肺疾病、咽部炎症、降主动脉瘤、食管狭窄、坏死性食管炎、急性蜂窝织炎等；出现肝性脑病等严重并发症也属禁忌（但上消化道出血不属禁忌）；少数患者精神过度紧张、有抗拒心理、不合作，则不宜做胃镜检查。

胃镜检查在一般情况下是安全的。只是在检查过程中和检查后，可能会出现咽部不适或轻度疼痛等，多数患者都能耐受。极少数情况下会出现如食管或胃穿孔、出血等一些少见的并发症，往往需要外科处理。