HBsAg持续阳性多是因为HBV-DNA已与宿主细胞DNA发生了整合，而整合后的HBV-DNA只能表达HBsAg，不能合成HBeAg和HBcAg，DNA也不能复制，故不能装配成完整的病毒颗粒，血中只有HBsAg是不会传染的。目前所有的抗病毒药物均不能对细胞外病毒有效果。

整合后的HBV会不会再度活跃并复制，整合在患者细胞DNA中的HBV会不会诱导癌变等问题尚无定论，有待于进一步研究。但长期乙型肝炎表面抗原阳性的患者要定期复查，若自己发觉有临床表现，应及时到医院检查，了解病毒的状态。