HCV基因型测定具有一定的临床价值。因为有研究显示HCV基因型与其致病性、肝细胞癌(HCC)的发生及干扰素(IFN)疗效有一定关系。HCV基因型与治疗反应率也有一定关系。一般认为HCV-2型及HCV-3型对IFN的反应优于HCV-1型。

肝硬化及肝癌患者HCV-1b型明显高于慢性肝炎，而慢性肝炎的HCV-1b型发现率高于无症状献血员及ALT正常的人群。但每一基因型均可出现在各期肝病中，HCV基因型不能作为评价肝病严重程度的一个指标。