丙型肝炎病毒(HCV)为含脂质外壳的球形病毒，具有囊膜和刺突结构，主要寄生在肝细胞内复制繁殖。研究还发现，HCV有一个多变异性特点，在同型各株间，甚至同一患者不同时期病毒都存在差异。

HCV分为若干个基因型和亚型。通常分为6型。基因型分布具有明显地域性，如中国大陆北方以2a型为主，南方则以1b型为主。基因型和治疗效果有关，一般来说2型和3型的疗效明显好于1型。