乙型肝炎患者HBeAg转阴而HBV-DNA仍为阳性可能是由于病毒基因发生变异而造成免疫逃逸的结果。目前发现，因基因变异而导致HBeAg转阴的现象在我国慢性肝炎患者中约占70%，这是造成远期不良后果的原因之一。因此，临床上把乙型肝炎病毒DNA阴转率以及它是否与HBeAg阴转相一致，作为预测病情变化的重要指标。如果HBeAg阴转，而HBV-DNA仍为阳性，则有可能是病毒发生了变异，临床上要继续治疗，彻底消除后患。